La compensation des cas de rigueur doit faciliter le passage à la nouvelle péréquation financière pour les cantons dont la situation est péjorée par la mise en place du nouveau système. Durant une période transitoire, ces cantons bénéficient d’une contribution supplémentaire au titre de la compensation des cas de rigueur. Constante jusqu’en 2015, cette contribution diminuera ensuite chaque année de 5 pourcent du montant initial et disparaîtra en 2036. En 2008, la somme consacrée au fonds de compensation était de 366 millions de francs, dont les deux tiers financés par la Confédération et un tiers par les cantons. Lorsqu’un canton passe dans la catégorie des cantons à fort potentiel de ressources, il perd son droit à la contribution pour cas de rigueur (art. 19 PFCC).