Der Härteausgleich soll Kantonen, welche durch die Einführung des neuen Systems schlechter gestellt werden, den Übergang zum neuen Finanzausgleich erleichtern. Diese Kantone erhalten in einer Übergangszeit zusätzliche Mittel aus dem Härteausgleich. Der Härteausgleich bleibt bis 2015 konstant. Ab 2016 sinkt er jährlich um 5 Prozent des Anfangsbetrages und läuft 2036 aus. Der Härteausgleich betrug 2008 insgesamt 366 Mio. Franken und wird zu zwei Dritteln vom Bund und zu einem Drittel von den Kantonen finanziert. Kantone, welche ressourcenstark werden, verlieren ihren Anspruch auf Härteausgleichszahlungen (Art. 19 FiLaG).