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Die Zahlungen aus dem Ressourcenausgleich sind zielgerichteter einzusetzen. Sie sollen vor allem den ressourcenschwächsten Kantonen zu Gute kommen. Den ressourcenschwächsten Kantonen soll eine Mindestausstattung von 85 Punkten des schweizerischen Ressourcenpotenzials garantiert werden. Im Gegenzug sollen Kantone, welche nahe beim schweizerischen Durschnitt liegen, weniger oder keine Mittel aus dem Ressourcenausgleich erhalten.

Die Erhaltung der steuerlichen Wettbewerbsfähigkeit der Kantone im nationalen und internationalen Verhältnis ist ein zentrales, gesetzlich festgelegtes Ziel des NFA. Die Erreichung dieses Ziels wird jedoch gefährdet, wenn der nationale Steuerwettbewerb nicht auf einer fairen Grundlage basiert. Zahlungen aus dem Ressourcenausgleich sollen nicht dazu dienen, dass die Nehmerkantone mit aggressiven Steuerstrategien die Geberkantone im Steuerwettbewerb unterbieten.

Der Härteausgleich wurde eingeführt, um Kantonen, welche aus dem alten Finanzausgleich mehr Transferleistungen erhielten, den Übergang zum neuen System zu erleichtern. Die Zahlungen im Umfang von 215 Mio. Franken (2017) werden seit 2016 jährlich um nur 5% des Anfangsbeitrags reduziert. Die ausserordentlich lange Übergangsfrist bis 2036 ist jedoch sachlich nicht gerechtfertigt. Kantone, welche im alten System übermässig profitiert hatten, profitieren mit dem Härteausgleich noch einmal.

Die Berechnung des kantonalen Ressourcenpotenzials berücksichtigt nur die fiskalischen Einnahmen aus den steuerbaren Einkommen und Vermögen von natürlichen Personen sowie die Gewinne der juristischen Personen. Weitere bedeutende Einnahmenquellen der öffentlichen Hand wie Regalien und Konzessionen werden nicht berücksichtigt. Die Nichtberücksichtigung wichtiger Einnahmequellen führt innerhalb der ressourcenschwachen Kantone zu erheblichen Ungleichbehandlungen.

Investitionen in Bildung und Forschung sind für den Standort Schweiz von zentraler Bedeutung. Die Universitätskantone sind mit wachsenden Kosten konfrontiert. Die von ihnen zu tragenden Kosten übertreffen den Standortvorteil bei weitem, den sie als Universitätskanton erzielen. Die steigende finanzielle Belastung der Universitätskantone soll im Rahmen der interkantonalen Zusammenarbeit mit Lastenausgleich besser abgegolten werden.